הסיבות מגוונות ועשויות להיות חוסר התאמה לרמה הלימודית או יום לימודים ארוך, בעיות קשב וריכוז או קשיים חברתיים. פעמים היה מדובר בבתים שבהם ההרמוניה המשפחתית נסדקה קשות וכיו"ב.
ועדת רבנים יושבת על המדוכה, והיא שמחליטה בעת הרישום מי יתקבל ומי לאו. השיקולים ברורים ונהירים. מי שיכול להצליח במסגרת ישיבתית, גם אם אין כשרונותיו מזהירים, אין מקומו כאן. 'נחלת יעקב' היא מקפצה ואם תרצו חממה, לאותם תלמידים שחייבים את כור ההיתוך הזה בטרם יתאקלמו בישיבה נורמטיבית המתאימה להם. לעתים ההורים עצמם מתלבטים, יש המפעילים לחצים על ההנהלה, אבל השיקולים המנחים את ההנהלה הם ענייניים ולגופו של בחור בלבד, בלא להתקפל בפני לחצים ואינטרסים זרים.
